Universitas Merdeka Madiun didirikan tanggal 1 Oktober 1979 oleh Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Madiun (YAPERTIMMA) dengan akta pendirian Nomor 55 tanggal 30 Juni 1979 oleh Notaris R.N. Sinulingga, SH. Universitas Merdeka Madiun yang awalnya sebagai cabang dari Universitas Merdeka Malang dengan sebutan Universitas Merdeka Koordinatorat Madiun dan memiliki Fakultas Hukum, Ekonomi, Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Pertanian dan Fakultas Teknik yang dipimpin oleh Drs. Samiarto Laksono Pembantu Gubernur di Madiun selaku Dekan Koordinator. Adapun hal tersebut berdasarkan dengan Keputusan Koordinator Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah VII No:030/0/1985 Tentang Pemberian Ijin Operasional Untuk Penyelenggaraan Pendidikan Tinggi Program S-1 “terdaftar” kepada: Fakultas/Jurusan di Lingkungan Universitas Merdeka Madiun. Pada waktu awal perkuliahan gedung Fakultas Ekonomi berada di Kantor/Ruang pertemuan Keresidenan Madiun Jl. Pahlawan Madiun. Pada waktu awal berdiri banyak persoalan mendasar yang dihadapi oleh Universitas Merdeka Koordinatorat Madiun yaitu belum memiliki dosen tetap yang berkompeten dalam bidang atau jurusan Fakultas yang dibuka. Oleh sebab itu Drs. Samiarto Laksono selalu Dekan Koordinator banyak melibatkan pejabat instansi teknis yang mempunyai gelar kesarjanaan dan kompetensi sesuai dengan mata kuliah yang diajarkan. Untuk menunjang operasional administrasi perkuliahan dilibatkan tenaga staff administrasi Keresidenan Madiun. Adapun beberapa pejabat dan tokoh-tokoh yang bersedia menjadi dosen pada waktu awal berdirinya Universitas Merdeka Koordinatorat Madiun yaitu untuk Fakultas Ekonomi yaitu Drs. Wasit Soebroto, Dra. Ny. Arifien, Drs. Chalik Nasution. Drs. Alwi Al Husain, Drs. Kardjani, dll. Fakultas Ekonomi saat ini terdiri dari 2 Program Studi, yaitu Program Studi Manajemen dan Program Studi Akuntansi. Untuk Program Studi Manajemen merupakan program studi yang lebih awal berdiri dibandingkan dengan Program Studi Akuntansi dan berdiri Tahun 1996 dengan SK Pendirian No: 542/DIKTI/Kep/1996 Tanggal 4 Desember 1996.